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The dataset generation failed because of a cast error
Error code: DatasetGenerationCastError
Exception: DatasetGenerationCastError
Message: An error occurred while generating the dataset
All the data files must have the same columns, but at some point there are 1 new columns ({'Case;Gender (M/F);Age (years)'}) and 1 missing columns ({';Arytenoid;Brainstem;BuccalMucosa;A_Carotid_L;A_Carotid_R;Esophagus_S;Cochlea_L;Cochlea_R;Cricopharyngeus;Eye_L;Eye_R;Lens_L;Lens_R;Glnd_Lacrimal_L;Glnd_Lacrimal_R;Glottis;Larynx_SG;Lips;Bone_Mandible;OpticChiasm;OpticNrv_L;OpticNrv_R;Cavity_Oral;Parotid_L;Parotid_R;Pituitary;SpinalCord;Glnd_Submand_L;Glnd_Submand_R;Glnd_Thyroid'}).
This happened while the csv dataset builder was generating data using
hf://datasets/Angelou0516/HAN_Seg/set_1/patient_data.csv (at revision 59c79499b9f197a89436b5daffa94974ef748f2c)
Please either edit the data files to have matching columns, or separate them into different configurations (see docs at https://hf.co/docs/hub/datasets-manual-configuration#multiple-configurations)
Traceback: Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/builder.py", line 1831, in _prepare_split_single
writer.write_table(table)
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/arrow_writer.py", line 714, in write_table
pa_table = table_cast(pa_table, self._schema)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/table.py", line 2272, in table_cast
return cast_table_to_schema(table, schema)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/table.py", line 2218, in cast_table_to_schema
raise CastError(
datasets.table.CastError: Couldn't cast
Case;Gender (M/F);Age (years): string
-- schema metadata --
pandas: '{"index_columns": [{"kind": "range", "name": null, "start": 0, "' + 418
to
{';Arytenoid;Brainstem;BuccalMucosa;A_Carotid_L;A_Carotid_R;Esophagus_S;Cochlea_L;Cochlea_R;Cricopharyngeus;Eye_L;Eye_R;Lens_L;Lens_R;Glnd_Lacrimal_L;Glnd_Lacrimal_R;Glottis;Larynx_SG;Lips;Bone_Mandible;OpticChiasm;OpticNrv_L;OpticNrv_R;Cavity_Oral;Parotid_L;Parotid_R;Pituitary;SpinalCord;Glnd_Submand_L;Glnd_Submand_R;Glnd_Thyroid': Value('string')}
because column names don't match
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "/src/services/worker/src/worker/job_runners/config/parquet_and_info.py", line 1334, in compute_config_parquet_and_info_response
parquet_operations, partial, estimated_dataset_info = stream_convert_to_parquet(
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/src/services/worker/src/worker/job_runners/config/parquet_and_info.py", line 911, in stream_convert_to_parquet
builder._prepare_split(
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/builder.py", line 1702, in _prepare_split
for job_id, done, content in self._prepare_split_single(
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/builder.py", line 1833, in _prepare_split_single
raise DatasetGenerationCastError.from_cast_error(
datasets.exceptions.DatasetGenerationCastError: An error occurred while generating the dataset
All the data files must have the same columns, but at some point there are 1 new columns ({'Case;Gender (M/F);Age (years)'}) and 1 missing columns ({';Arytenoid;Brainstem;BuccalMucosa;A_Carotid_L;A_Carotid_R;Esophagus_S;Cochlea_L;Cochlea_R;Cricopharyngeus;Eye_L;Eye_R;Lens_L;Lens_R;Glnd_Lacrimal_L;Glnd_Lacrimal_R;Glottis;Larynx_SG;Lips;Bone_Mandible;OpticChiasm;OpticNrv_L;OpticNrv_R;Cavity_Oral;Parotid_L;Parotid_R;Pituitary;SpinalCord;Glnd_Submand_L;Glnd_Submand_R;Glnd_Thyroid'}).
This happened while the csv dataset builder was generating data using
hf://datasets/Angelou0516/HAN_Seg/set_1/patient_data.csv (at revision 59c79499b9f197a89436b5daffa94974ef748f2c)
Please either edit the data files to have matching columns, or separate them into different configurations (see docs at https://hf.co/docs/hub/datasets-manual-configuration#multiple-configurations)Need help to make the dataset viewer work? Make sure to review how to configure the dataset viewer, and open a discussion for direct support.
;Arytenoid;Brainstem;BuccalMucosa;A_Carotid_L;A_Carotid_R;Esophagus_S;Cochlea_L;Cochlea_R;Cricopharyngeus;Eye_L;Eye_R;Lens_L;Lens_R;Glnd_Lacrimal_L;Glnd_Lacrimal_R;Glottis;Larynx_SG;Lips;Bone_Mandible;OpticChiasm;OpticNrv_L;OpticNrv_R;Cavity_Oral;Parotid_L;Parotid_R;Pituitary;SpinalCord;Glnd_Submand_L;Glnd_Submand_R;Glnd_Thyroid
string |
|---|
case_01;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
|
case_02;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_03;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_04;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
|
case_05;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
|
case_06;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
|
case_07;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_08;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_09;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_10;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_11;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_12;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_13;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_14;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_15;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_16;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_17;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_18;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_19;1;0.5;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0.5;0.5;1;1;1;0.5;1;1;1;1
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case_20;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_21;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_22;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_23;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
|
case_24;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
|
case_25;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_26;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_27;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_28;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_29;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_30;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_31;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_32;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_33;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_34;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_35;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_36;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_37;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_38;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_39;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_40;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
|
case_41;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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case_42;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1
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YAML Metadata
Warning:
empty or missing yaml metadata in repo card
(https://huggingface.co/docs/hub/datasets-cards)
HaN-Seg: The head and neck organ-at-risk CT & MR segmentation dataset
Reference
Please cite the following paper, if you are using the HaN-Seg: The head and neck organ-at-risk CT & MR segmentation dataset:
G. Podobnik, P. Strojan, P. Peterlin, B. Ibragimov, T. Vrtovec, "HaN-Seg: The head and neck organ-at-risk CT & MR segmentation dataset", Medical Physics, 2023. https://doi.org/10.1002/mp.16197
@ARTICLE{HaNSeg_dataset,
author = {Ga\v{s}per Podobnik, Primo\v{z} Strojan, Primo\v{z} Peterlin, Bulat Ibragimov, Toma\{z} Vrtovec},
title = {{HaN-Seg}: {T}he head and neck organ-at-risk {CT} \& {MR} segmentation dataset},
journal = {Medical Physics},
year = {2023},
doi = {https://doi.org/10.1002/mp.16197}
}
License
Dataset Characteristics
The HaN-Seg: Head and Neck Organ-at-Risk CT & MR Segmentation Dataset is a publicly available dataset of anonymized head and neck (HaN) images of 42 patients that underwent both CT and T1-weighted MR imaging for the purpose of image-guided radiotherapy planning. In addition, the dataset also contains reference segmentations of 30 organs-at-risk (OARs) for CT images in the form of binary segmentation masks, which were obtained by curating manual pixel-wise expert image annotations.
A full description of the HaN-Seg dataset can be found here.
Folder Structure
HaN-Seg
├── set_1
│ ├── case_01
│ │ ├── case_01_IMG_CT.nrrd (CT image file)
│ │ ├── case_01_IMG_MR_T1.nrrd (T1-weighted MR image file)
│ │ ├── case_01_OAR_A_Carotid_L.seg.nrrd (left carotid artery binary segmentation file)
│ │ ├── case_01_OAR_A_Carotid_R.seg.nrrd (right carotid artery binary segmentation file)
│ │ ├── ...
│ │ └── case_01_OAR_SpinalCord.seg.nrrd (spinal cord binary segmentation file)
│ ├── ...
│ ├── case_42
│ │ └── ...
│ ├── OAR_data.csv (`.csv` file with segmentation availability information, see Chapter 3 of our paper for datails)
│ └── patient_data.csv (`.csv` file with demographic information for all patients)
├── README.md
└── LICENSE (CC BY-ND 4.0)
Managed By
Laboratory of Imaging Technologies, Faculty of Electrical Engineering, University of Ljubljana, Slovenia
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